故事舞臺是一個現在還存在著忍者的世界，政府為了對抗政治家與大企業雇傭的“惡忍”，成立的培養“善忍”的“國立半藏學院”中入學的女生們戰斗的故事。主角由五位性格各異的女忍者構成，她們分別是飛鳥、斑鳩、葛城、柳生和云雀。