致人死亡的暗病毒，具有感知能力的軍校少年，突然出現的異色妖瞳少女帶來那裂空的一劍，是結束還是開端？22xx年，一場宇宙風暴帶來的暗物質對世界造成了毀滅性的打擊，星球表面附著的危害物質讓地表越來越不適合居住，同時帶來一種黑色的怪物并對人類產生了巨大威脅，人們把這種怪物叫做“黑質”，為了生存，人類不得不放棄原來的大都市，開始建設新的棲身之所。故事是從流行病出現之后一百年開始的。